Nasceu na região de Troppau (hoje chamada Opava), na Silésia, que então pertencia à Áustria, e viria a ser batizado a 22 de Julho, que muitas vezes se confunde com a sua data de nascimento, vindo de uma família de humildes camponeses. Na sua infância revelou-se muito inteligente; em casa costumava observar e estudar as plantas. Sendo um brilhante estudante a sua família encorajou-o a seguir estudos superiores, e mais tarde aos 21 anos a entrar num mosteiro da Ordem de Santo Agostinho em 1843 (atual mosteiro de Brno, República Checa) pois não tinham dinheiro para suportar o custo dos estudos. Obedecendo ao costume ao tornar-se monge, optou um outro nome: "Gregor". Aí Mendel tinha a seu cargo a supervisão dos jardins do mosteiro.
As suas descobertas, apesar de muito importantes permaneceram praticamente ignoradas até aos começos do século XX (embora tivessem estado disponíveis nas maiores bibliotecas da Europa e dos Estados Unidos). Sendo publicadas somente no início do século XX, anos após a morte de Mendel; foram "redescobertas" por um grupo de cientistas, um alemão - K. Correns, um austriaco - E. Tschermak e outro neerlandês - H. de Vries. Originalmente pensava-se que o austriaco Eric von Tschermark teria sido um dos "redescobridores" mas, nunca mais foi aceite. Sua teoria foi muito importante para Darwin depois.
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